Philippe Baptiste ist Doktor der Technischen Universität Compiègne und Bauingenieur der Mines de Nancy. Er verfügt außerdem über einen MSc der University of Strathclyde in Glasgow, einen DEA der Sorbonne University sowie eine Genehmigung zum Forschungsmanagement.
1999 trat er als Forscher dem CNRS bei, dann von 2000 bis 2001 dem IBM Watson Research Center. Von 2002 bis 2012 lehrte Philippe Baptiste auch an der École Polytechnique, wo er das Labor für Informatik leitete. Darüber hinaus gründete er das Institut für Informationswissenschaften und ihre Interaktionen.
Im Mai 2013 wechselte er als Leiter der Strategie- und Innovationsabteilung der Generaldirektion Forschung und Innovation zum Ministerium für nationale Bildung. Im Jahr 2014 wurde er stellvertretender Generaldirektor des CNRS.
Von 2016 bis 2017 war er wissenschaftlicher Direktor, dann CTO der Total-Gruppe und 2020 „Partner und Direktor“ der Boston Consulting Group. Im Mai 2017 trat er als Stabschef von Ministerin Frédérique Vidal in das Ministerium für Hochschulbildung und Forschung ein. Im November 2019 wechselte er als Berater zu Premierminister Édouard Philippe.
Seit 2021 ist Philippe Baptiste Präsident von Cnes, dem Nationalen Zentrum für Weltraumstudien.
Auf Vorschlag des Premierministers François Bayrou ernennt der Präsident der Republik am 23. Dezember 2024 Philippe Baptiste zum Minister für Hochschulbildung und Forschung. Philippe Baptiste ist Minister von Élisabeth Borne, Ministerin für nationale Bildung, Hochschulbildung und Forschung.
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