Am 5. Juni starteten die Astronauten. Am nächsten Tag begannen die Rückschläge.
Als sich Starliner der Raumstation näherte, kam es zu einer Fehlfunktion von fünf seiner 28 Reaktionskontrolltriebwerke, wodurch sich der Andockvorgang um fast eine Stunde verzögerte.
Diese Triebwerke befinden sich am Servicemodul des Raumfahrzeugs und werden verwendet, um die Kapsel im Orbit zu bewegen, insbesondere um ihre Position beim Andocken und Abdocken an der Raumstation anzupassen.
Vier Triebwerke konnten schließlich wiederhergestellt werden, so dass die Astronauten ihre Ankunft bei der Raumstation abschließen konnten. Das Problem veranlasste die NASA jedoch dazu, eine Untersuchung einzuleiten, um herauszufinden, was den Ausfall der Triebwerke verursacht hatte.
Ingenieure der NASA und Boeing nutzten ein Testtriebwerk in der White Sands Test Facility der Raumfahrtbehörde in New Mexico, um die Leistung der Triebwerke zu untersuchen. Die Teams setzten dieses Triebwerk und seine Triebwerke, die für zukünftige Starliner-Flüge entwickelt wurden, ähnlichen Bedingungen aus, wie sie die Kapsel auf ihrem Weg zur Raumstation erlebte.
Die Missionsmanager führten außerdem einen „Heißtest“ im Weltraum durch, bei dem die Triebwerke des Starliners in kurzen Stößen gezündet wurden, während dieser an der Raumstation angedockt blieb.
Vorläufige Ergebnisse deuteten darauf hin, dass alle bis auf eines der 28 Triebwerke des Reaktionskontrollsystems gut funktionierten, doch die NASA sagte, verschiedene Tests hätten gezeigt, dass eine winzige Teflondichtung bei hohen Temperaturen aufzuquellen schien, was den Treibstofffluss in die Triebwerke blockieren könnte. Die sich ausdehnenden Dichtungen könnten für die Triebwerksprobleme verantwortlich sein, die während des Andockens auftraten.
Allerdings sagte Steve Stich, NASA-Manager für das Commercial Crew Program, im August, dass das Team „nicht mit absoluter Sicherheit beweisen könne, dass das, was wir im Orbit sehen, genau dem entspricht, was sich auf der Erde wiederholt.“
Darüber hinaus überwachten die Teams langsame Heliumlecks im Antriebssystem des Raumfahrzeugs.
Die Missionsmanager wussten bereits vor dem Start des Starliners von einem Heliumleck, erklärten damals jedoch, dass das langsame Leck beherrschbar sei und weder die Mission beeinträchtigen noch die Sicherheit der Astronauten gefährden würde.
Kurz nach dem Start entdeckten die Verantwortlichen jedoch zwei weitere Heliumlecks an der Oberseite des Servicemoduls der Kapsel.
Ende Juli teilte die NASA mit, dass Tests bestätigt hätten, dass das Antriebssystem des Starliners stabil sei und dass die Heliumleckrate nicht in einer Weise angestiegen sei, die eine Rückkehr zur Erde gefährden könnte.
Die Raumfahrtbehörde holte im August zusätzliche Antriebsexperten hinzu, um weitere Tests und Analysen durchzuführen.
Die Entscheidung der NASA, Wilmore und Williams in einer SpaceX-Kapsel nach Hause zu schicken, erforderte einige Anpassungen bei anderen geplanten Missionen. Ein bevorstehender SpaceX-Start, bekannt als Crew-9, sollte ursprünglich vier neue Besatzungsmitglieder zur Raumstation bringen, stattdessen werden jedoch nur zwei mitfliegen. Auf diese Weise können Wilmore und Williams am Ende der Crew-9-Mission im Februar auf den freien Plätzen zurückfliegen.