Trotz ihrer entscheidenden Rolle bei der Datenerhebung für die Wirtschaftstätigkeit der Fischer und für die Wissenschaft sind sie durch diese Arbeit erheblichen Gefahren ausgesetzt. Bei den Todesfällen von Fischereibeobachtern handelt es sich häufig um Boote mit problematischen Praktiken wie dem illegalen Umschlag (Übergabe von Fischkisten von einem Boot zum anderen auf See, ohne sie zu deklarieren).
Die Geschichte von Samuel Abayateye, einem ghanaischen Beobachter, der im Oktober 2023 auf See verschwand, verdeutlicht den Ernst der Lage. Sein verstümmelt aufgefundener Körper konnte trotz der von der Familie angeforderten DNA-Tests immer noch nicht offiziell identifiziert werden. Andere Beobachter wie Emmanuel Essein wurden Opfer ähnlicher Fälle von Verschwindenlassen, nachdem sie illegale Praktiken an Bord der Boote angeprangert hatten.
Beobachter werden von Besatzungen oft als Eindringlinge wahrgenommen. In Frankreich stößt das Beobachterprogramm auf Schwierigkeiten, da sich die Fischer heute häufig weigern, diese Fachkräfte an Bord aufzunehmen. Diese Ablehnung erschwert die Erhebung von Daten für die Bestandsverwaltung und den Schutz von Meeresarten, insbesondere von Delfinen an den Küsten des Golfs von Biskaya.
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